现代的马耳他骑士团与历史上的军事修会存在几个主要区别：

1. 领土和政治地位：历史上的马耳他骑士团（医院骑士团）曾控制着马耳他岛等领土，并在岛上建立了自己的主权政权[1]。现代的马耳他骑士团则没有宣称或实质控制任何领土，其总部位于意大利罗马，被100多个国家承认为政治实体，但无实际领土[2]。

2. 军事职能：历史上的马耳他骑士团是一个具有军事职能的修会，与奥斯曼帝国等进行了多次战争[3]。现代的马耳他骑士团军事职能基本消失，其活动更多转向慈善和宗教领域[4]。

3. 组织结构和活动：历史上的骑士团成员需要发誓遵从修会的三大规定：守贞、守贫、服从，并保护朝圣者[5]。现代的马耳他骑士团保留了一些传统职务，如大团长、大司令官等，但其活动重点转向人道主义援助和医疗慈善工作[6]。

4. 国际地位：现代的马耳他骑士团是联合国观察员实体，具有“准国家”性质[7]，而历史上的骑士团则没有这样的国际地位。

综上所述，现代的马耳他骑士团与历史上的军事修会在领土控制、军事职能、组织活动重点以及国际地位等方面存在显著差异。现代骑士团更多地从事慈善和宗教活动，而历史上的骑士团则以军事和宗教使命为主。

参考来源： [1] https://www.dcwaytrust.com.cn/news/1554.html [2] https://www.thepaper.cn/newsDetail_forward_11862492 [3] https://www.dcwaytrust.com.cn/news/1554.html [4] https://m.douban.com/note/604160747/ [5] https://blog.sina.com.cn/s/blog_4b712d230102web6.html [6] https://m.douban.com/note/604160747/ [7] http://baike.baidu.com/item/%E8%80%B6%E8%B7%AF%E6%92%92%E5%86%B7%E3%80%81%E7%BD%97%E5%BE%97%E5%B2%9B%E5%8F%8A%E9%A9%AC%E8%80%B3%E4%BB%96%E5%9C%A3%E7%BA%A6%E7%BF%B0%E4%B8%BB%E6%9D%83%E5%86%9B%E4%BA%8B%E5%8C%BB%E9%99%A2%E9%AA%91%E5%A3%AB%E5%9B%A2/20489932?noadapt=1