西班牙无敌舰队在1588年入侵英格兰时遭遇失败的原因主要有以下几点：
准备不足和指挥分歧：西班牙无敌舰队在出发前就遭遇了准备不足的问题，加之指挥官之间的分歧，导致了行动上的不协调。澎湃新闻提到，英国私掠舰队头目德雷克突袭西班牙加的斯，焚毁了一些船只和战备物资，打乱了无敌舰队的集结准备。
战术和技术上的差距：西班牙舰队的战术还停留在接舷战时代，而英国海军则利用火炮技术进行远距离攻击，这种技术上的差距使得西班牙舰队在战斗中处于劣势。锦鲤军事指出，由于指挥官间的分歧和天气恶劣等原因，西班牙舰队在穿越英吉利海峡时遇到了重重困难。
天气和自然条件的影响：西班牙舰队在返航途中遭遇了强劲的北大西洋秋季风暴，导致许多船只失事和人员损失。网易报道，一些舰长冒险在爱尔兰海岸躲避，但遭遇了更大的损失。
英国海军的有效抵抗：英国海军在德雷克的领导下，有效地抵抗了西班牙舰队的进攻，并利用其海军战术和火炮优势，对西班牙舰队造成了重大打击。凤凰网提到，伊丽莎白女王批准了对西班牙沿海及其美洲殖民地进行突然袭击，以加强自己的财政实力并破坏敌人的备战工作。
西班牙帝国的过度扩张：西班牙帝国在当时已经过度扩张，资源和财政状况并不乐观，这限制了无敌舰队的作战能力和后续的恢复。知乎讨论了无敌舰队的损失对西班牙的影响。
综上所述，西班牙无敌舰队的失败是多方面因素共同作用的结果，包括战术上的落后、准备不足、天气影响以及英国海军的有效抵抗等。