美国在美西战争后兼并了关岛、波多黎各和菲律宾，这些地区没有被纳入美国州体系，而是作为殖民地管理的原因主要有以下几点：
非合并领地（Unincorporated Territory）：根据“海岛判例”，菲律宾、关岛和波多黎各被作为非合并领地，与夏威夷、阿拉斯加等合并领地有所区别。后者是以建州为目标，而前者则不是中国历史研究院。
法律地位不明确：这些岛屿的法律地位并不明确，因为美国宪法中只提到了州（State），并没有对这些新获得的领土给出明确的法律地位美国研究期刊。
战略和军事考量：美国对这些地区的控制更多是基于战略和军事的考量，而非为了将它们纳入州体系。例如，美国对波多黎各的占领及作为一个自治领地的管理，部分是基于其战略位置的考量克鲁斯：美国入侵波多黎各。
政治和经济因素：美国可能考虑到将这些地区直接纳入州体系会涉及复杂的政治和经济整合问题，包括地方自治、资源分配等，因此选择以殖民地的形式进行管理。
文化和种族差异：这些地区与美国本土存在显著的文化和种族差异，直接纳入州体系可能会引起社会和政治上的冲突。
综上所述，美国在美西战争后对这些地区的管理更多是基于战略、法律和政治经济的综合考量，而非简单地将它们纳入州体系。