足利尊氏最初支持后醍醐天皇进行倒幕运动，推翻了镰仓幕府，但后来由于与天皇的关系恶化，他反叛并最终建立了室町幕府。以下是导致这一转变的关键因素：
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权力斗争：足利尊氏在平定中先代之乱后拥兵自重，这使他与天皇的关系迅速恶化。来源
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政治理念冲突：后醍醐天皇试图复兴天皇当政的岁月，而足利尊氏则代表了武士阶级的利益，新政倾向于重建公卿贵族政权，失去了武士的支持。来源
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军事行动：足利尊氏在镰仓发动延元之乱，率部前往京都，驱逐天皇于比叡山。来源
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幕府重建：尊氏在京都室町建立了武家政权，即室町幕府，这标志着他与天皇的彻底决裂。来源
这些因素共同导致了足利尊氏从支持后醍醐天皇转变为反叛，并最终建立了室町幕府。