教皇英诺森三世宣布腓力二世与阿格尼丝·德·梅拉涅的婚姻无效的原因是因为腓力二世与他的第三任妻子阿格尼丝的婚姻违反了教会的法律，即禁止近亲结婚的规定。根据搜索结果中的信息，腓力二世在与阿格尼丝结婚之前，已经与丹麦的英格堡有过婚姻，而且这段婚姻在当时仍然有效[1]。因此，教皇英诺森三世认为腓力二世与阿格尼丝的婚姻是重婚，违反了教会的教规，所以宣布他们的婚姻无效。此外，腓力二世还提供了一本家谱，显示他和阿格尼丝属于同一个家族，这进一步支持了教皇的决定[2]。这段历史反映了当时教权与王权之间的紧张关系，以及教皇在婚姻合法性问题上的权威。