参考资料

分子力学模拟常用的软件包括：

1. LAMMPS：由美国Sandia国家实验室开发，是一个开源的大规模原子/分子并行模拟器。它支持多种势能函数，适用于软物质、固体力学、材料科学等领域。LAMMPS支持多种并行计算方式，包括MPI和GPU加速。

2. AMBER：是一个广泛使用的分子动力学模拟软件包，特别适用于生物分子系统。它提供了一套完整的工具来处理分子动力学模拟、自由能计算等任务。

3. GROMACS：是一个用于研究生物分子体系的分子动力学软件，特别适合于模拟蛋白质、脂质和核酸等生物大分子。

4. CHARMM：是一个分子模拟程序，广泛应用于模拟生物分子体系，如蛋白质、核酸、脂质等。

5. Materials Studio：是一个综合性的材料模拟平台，提供了分子力学、分子动力学、蒙特卡洛模拟等多种模拟方法。

6. NAMD：是一个用于模拟大生物分子体系的并行分子动力学代码，特别适合于长时间、大规模的模拟任务。

7. OpenMM：是一个用于模拟生物分子体系的开源软件，支持多种力场，并且可以与Python等编程语言集成。

8. MindSpore SPONGE：由华为云社区开发，是一个新一代分子模拟库，具有完全自主的知识产权，使用模块化设计，支持新的力场和抽样方法。

这些软件各有特点，适用于不同的研究领域和应用场景。例如，LAMMPS适合于材料科学和工程领域，而AMBER和GROMACS更适合于生物分子的模拟。选择合适的软件需要根据研究目标和系统特性来决定。图片来源：分子动力学模拟软件、应用及优劣。