柯尼斯堡在第二次世界大战后成为苏联领土的过程主要依据《波茨坦协定》。根据搜索结果，以下是详细的历史过程：
战争结束与占领：第二次世界大战结束、纳粹德国战败之后，柯尼斯堡及其周边地区根据《波茨坦协定》第五条被苏联并吞[1]。1945年柯尼斯堡战役后，苏联红军占领了这座城市[2]。
领土划分：战后，柯尼斯堡被划分为俄罗斯苏维埃联邦社会主义共和国的一个州[1]。1946年，苏联将其划给了俄罗斯联邦，并成为柯尼斯堡州[3]。
纪念与更名：同年7月4日，为纪念苏联领导人米哈伊尔·加里宁，该州以及城市被重新命名为加里宁格勒[4]。
政治与战略考量：苏联领导人斯大林指出，德国的军国主义根源位于普鲁士的发源地东普鲁士，为了避免战端再起，将东普鲁士首府柯尼斯堡及周边地区划入苏联领土[5]。
人口迁移：苏联在控制该地区后，迁走当地德国人，并移入俄罗斯人、白俄罗斯人、乌克兰人，以改变该地区的民族构成[6]。
综上所述，柯尼斯堡在第二次世界大战后成为苏联领土的过程是依据《波茨坦协定》进行的，涉及战争结束时的占领、领土划分、纪念性更名以及政治战略考量。这一过程标志着柯尼斯堡及其周边地区从德国领土转变为苏联的一部分，并最终成为今天的俄罗斯加里宁格勒州。