肯尼迪总统图书馆最终选择在波士顿建设的原因主要有以下几点：
肯尼迪家族与波士顿的联系：肯尼迪家族与波士顿有着深厚的联系，肯尼迪本人在哈佛大学学习，并且他的政治生涯也与波士顿紧密相关。贝聿铭成名作—肯尼迪图书馆背后的故事中提到，肯尼迪生前对波士顿的一块地表示过兴趣，肯尼迪的母亲于1965年向州议会提出申请，最终由联邦政府买下了这块12英亩(4.9公顷)的场地。
地理位置和景观：波士顿港口提供了一个具有历史意义和美丽景观的地点。肯尼迪总统图书馆/贝聿铭 - ArchDaily提到，新的地段占地9.5英亩，并能够观赏到波士顿港以及天际线。
政治和文化意义：波士顿是美国历史和文化的重要城市，选择在这里建设肯尼迪图书馆，可以强化图书馆的政治和文化意义。贝聿铭和他的城市遗产 - 澎湃新闻中提到，由于各种原因，肯尼迪图书馆建造历时15年之久，于1979年最终在波士顿港口落成。
综上所述，肯尼迪总统图书馆选择在波士顿建设，不仅因为肯尼迪家族与波士顿的深厚联系，也因为波士顿的地理位置、景观和文化意义。这些因素共同促成了图书馆在波士顿的最终落成。