聂斯脱里派在498年正式脱离罗马教会的原因主要有以下几点：
神学争议：聂斯脱里派因其创始人聂斯脱里提出的基督二性论（即耶稣基督具有神性和人性的两个独立位格）而与罗马教会产生严重分歧。431年的以弗所公会议将聂斯脱里的观点定为异端，导致聂斯脱里派与罗马教会的矛盾加剧。
政治与地理因素：许多聂斯脱里派的支持者因受迫害而逃离罗马帝国，被罗马帝国的东方对手波斯帝国萨珊王朝收容，使波斯教会快速增长。498年，波斯教会正式脱离罗马帝国的教会，形成了独立的东方亚述教会（Assyrian Church of the East）。
文化与语言差异：聂斯脱里派进入波斯帝国后，必须将《圣经》翻译成波斯语和阿拉伯语，教堂中的圣画与圣像也逐步脱离了罗马-拜占庭风格，走向中亚样式，这进一步加深了与罗马教会的隔阂。
宗教庇护：萨珊王朝对聂斯脱里派的礼遇和庇护，使得聂斯脱里派在波斯帝国得到了发展和壮大的机会，从而有能力和罗马教会正式脱离关系。
这些因素共同作用，导致聂斯脱里派在498年正式脱离罗马教会，并以中亚地区为中心进行宣教，发展成为后来的景教。