君士坦丁六世在795年与玛利亚离婚并迎娶宫女赛奥多特的原因，根据搜索结果，主要是由于他的个人决定。这一行为引起了教会的极大不满，因为在当时教会看来，离婚和再婚是不被认可的行为，尤其是君士坦丁六世作为皇帝，他的行为具有示范效应，影响广泛。根据维基百科的资料，君士坦丁六世的这一行为被视作对教会教义的挑战，因此引发了教会的强烈反应[1]。在当时的社会和宗教背景下，君士坦丁六世的这一决定无疑是对教会权威的挑战，导致了他与教会之间的紧张关系。
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