穆斯林军队在围攻叙拉古时面临的挑战主要包括：
粮食缺乏：根据维基百科的资料，围困叙拉古的军队在827年至828年的围攻中饱受粮食缺乏的折磨[1]。这可能导致军队士气下降和战斗力减弱。
疫病爆发：同一资料显示，军队还遭受了疫病爆发的打击，指挥官阿萨德·伊本·弗拉特甚至因此丧命[1]。疫病的爆发不仅减少了军队的人数，也对士兵的士气和健康造成了严重影响。
民众苦难和饥荒：目击者修士狄奥多西详细记录了被包围民众所面临的苦难和饥荒[2]。长期的围攻导致城内民众生活条件恶劣，这可能增加了攻城的难度，因为民众的抵抗可能会更加坚决。
战略上的分散风险：在其他历史事件中，阿拉伯军队在进攻唐朝控制的地区时，面临着战略上的分散风险[3]。虽然这并非直接关于叙拉古的围攻，但可以推测，在围攻叙拉古时，穆斯林军队可能也需要考虑如何在不同战线上分配兵力，以避免过度分散导致的战略风险。
这些挑战表明，穆斯林军队在围攻叙拉古时不仅要面对敌军的抵抗，还要应对内部的供给问题和疾病等非战斗因素的挑战。
[1] 叙拉古之围(827年—828年) - 维基百科 [2] 叙拉古之围(877年—878年) - 维基百科 [3] 2万阿拉伯军队消灭10万唐军？从中阿双方史料，考证怛罗斯之战真相