国民政府决定废止祀孔的传统礼仪的原因主要包括以下几点：
政治理念的冲突：1928年，蔡元培领导的大学院以春秋祀孔旧典与“现代思想自由原则及本党主义大相悖谬”为由，废止了祀孔典礼。这表明国民政府试图与旧治统“划清界限”，推动现代化和西化的政策，而祀孔典礼被视为封建遗留和旧文化的象征，与国民政府推行的现代思想和政策相冲突。
文化改革的需要：国民政府成立之初，面临着文化改革的重任。祀孔典礼作为传统文化的一部分，被认为与国民政府推行的新文化运动和现代化建设的目标不符，因此被废止。
政治斗争的反映：国民政府内部对于是否应该继续祀孔存在争议，这在一定程度上反映了不同政治派别之间的斗争。一些国民党成员和政府官员可能认为废止祀孔是削弱封建势力和推动现代化的必要步骤。
对共产党的军事斗争：在20世纪30年代，国民政府在军事上对抗共产党的同时，也试图通过宣扬传统道德伦理来加强国民的思想控制，这可能也是他们重新考虑祀孔典礼的原因之一。
综上所述，国民政府废止祀孔的传统礼仪是一个复杂的决策过程，涉及到政治、文化、社会等多个层面的因素。这一决策反映了国民政府在现代化进程中的矛盾和挑战，以及对传统文化的重新评估和定位。