许贡与孙策之间的矛盾产生于孙策在江东扩张势力的过程中。根据搜索结果，特别是来自163.com和sohu.com的信息，许贡作为吴郡太守，曾秘密上书给曹操，称孙策骁勇，与项羽相似，暗示孙策可能成为朝廷的威胁。这份报告被孙策截获后，孙策因此对许贡产生了敌意，并最终导致许贡被孙策所杀。此外，孙策在江东六郡的统治过程中与江东本土士族以及部分南迁士族之间产生了激烈矛盾，许贡之死就是这种矛盾的体现。因此，许贡与孙策之间的矛盾是由于孙策在江东的扩张和统治，以及许贡对孙策的不信任和秘密报告给曹操的行为所引起的。