中華民國的政黨輪替對台灣的政治體制產生了以下幾個主要影響：
民主化進程的推動：根據維基百科的資料，台灣進入2000年代後，民主發展進入成熟期，雖然在制度上未有太大更動，但完成了三次政黨輪替以及舉行公民投票等成果，進一步完善了民主制度[1]。
政治不穩定感：在政黨輪替後，人民感受到政治不穩定，對於政黨輪替所標榜的民主成就開始產生對民主體制本身的信心動搖[2]。
外交政策的變化：政黨輪替對中華民國的外交政策產生了衝擊，特別是在對台政策上，中共對台政策短期仍將保持不變，在原來的「和平統一、一國兩制」架構下推動對台政策[3]。
文武關係的變化：政黨輪替後，文武關係出現了許多足以影響台灣民主前景的重要發展，軍隊完成了「軍隊國家化」，接受「文人領導」[4]。
公共政策的變動：政黨輪替對台灣的公共政策產生了影響，不同政黨執政時對於政策的重點和方向有所不同，影響了政策的連續性和效果[5]。
政治對抗：政黨輪替後，「臺獨」與「反臺獨」的政治對抗成為台灣政治的首要議題，影響了台海情勢和國際關係[6]。
綜上所述，政黨輪替對台灣的政治體制產生了深遠的影響，不僅推動了民主化進程，也帶來了政治不穩定、政策變動等挑戰。這些變化對台灣的政治發展和國際地位都產生了重要影響。
[1] 台湾民主化 [2] 從政黨輪替的現象談未來的政治發展 [3] 政治輪替對中華民國外交政策的衝擊 [4] 政黨輪替後兩岸關係發展 [5] 民主祭典 對台灣政黨輪替八年部分公共政策的總結評價 [6] 由民主化到族群政治