穆罕默德一世在位期间处理国内宗教叛乱的方式主要体现在对萨伊·贝德尔丁叛乱的镇压上。根据维基百科的资料，萨伊·贝德尔丁鼓吹将伊斯兰教、基督教及犹太教结合为同一个宗教，并要求奥斯曼帝国官员及上层阶级付出代价来解放农民及游牧民族，以推动社会进步[1]。穆罕默德一世通过敉平叛乱，维护了国家的稳定和统一。这次叛乱被视作对奥斯曼帝国统治和宗教教义的挑战，穆罕默德一世的应对措施显示了其对维护帝国秩序和宗教正统性的重视。
[1] 维基百科，奥斯曼帝国的崛起: https://zh.wikipedia.org/zh-cn/%E5%A5%A7%E6%96%AF%E6%9B%BC%E5%B8%9D%E5%9C%8B%E7%9A%84%E5%B4%9B%E8%B5%B7