1909年，清朝政府解除袁世凯职务的原因主要有以下几点：
摄政王载沣的不满和忌惮：1909年1月2日，摄政王载沣发布谕旨，解除袁世凯所任各职，令其回籍养病。载沣对袁世凯的不满和忌惮是解除其职务的主要原因之一。评载沣驱袁[朱东安] - 中华文史网
满汉矛盾的激化：1909年袁世凯被解除职务后，放逐袁世凯加重了清末以来本已缓和的满汉畛域，导致满汉官僚矛盾激化，是清朝快速走向灭亡的原因之一。清季袁世凯开缺问题研究 - 国家博物馆
袁世凯的政治影响力：袁世凯在清朝末年的政治影响力很大，他掌握着北洋军队，这使得清朝政府感到威胁。摄政王载沣为了减少威胁，突然以有“足疾”为名将袁世凯开缺回籍。清末迫使皇帝退位，为什么最需要袁世凯而非他人？ - 搜狐
慈禧太后去世后的政治变动：1909年，光绪皇帝和慈禧太后相继去世，载沣摄政，为了减少威胁，突然以有“足疾”为名将袁世凯开缺回籍。清末迫使皇帝退位，为什么最需要袁世凯而非他人？ - 搜狐
综上所述，1909年清朝政府解除袁世凯职务的原因是多方面的，涉及到清朝末年的政治斗争、满汉矛盾以及袁世凯个人的政治影响力等因素。