图帕克·阿马鲁二世的叛乱对秘鲁总督区产生了深远的影响。这场叛乱不仅揭示了殖民统治下土著人民的不满和反抗情绪，而且对秘鲁总督辖区的稳定和西班牙的殖民统治造成了重大打击。以下是一些具体的影响：
动摇了殖民统治：图帕克·阿马鲁二世的叛乱显示了土著人民对西班牙殖民统治的强烈不满，这场叛乱直接挑战了西班牙在秘鲁的权威和控制力。秘鲁历史- 维基百科
促进了社会变革：叛乱提出了废除贡税、给予奴隶自由等要求，这些要求反映了当时社会对更公平、更平等待遇的渴望，推动了社会变革的进程。[PDF] 论西属美洲克里奥尔民族主义的形成及其局限性*](http://ilas.cass.cn/grzy/tpyjy/hq/202104/P020210412650904290576.pdf)
加剧了经济危机：叛乱加剧了秘鲁总督辖区的经济危机，矿产减少和纺织业萎缩，进一步削弱了殖民地的经济基础。秘鲁历史- 维基百科
激发了后续的反抗运动：图帕克·阿马鲁二世的叛乱虽然最终被镇压，但它激发了后续的反抗运动，为19世纪初的独立努力奠定了基础。秘鲁历史
对殖民地统治的长期影响：叛乱给殖民统治留下了不可磨灭的印记，对西班牙当局产生了深深的不信任，这种不信任在殖民时期的阿根廷，一种反抗情绪蓬勃发展。现代阿根廷：从西班牙殖民中争取独立的斗争 - 网易
综上所述，图帕克·阿马鲁二世的叛乱对秘鲁总督区产生了深远的影响，不仅动摇了西班牙的殖民统治，还促进了社会变革，加剧了经济危机，并激发了后续的反抗运动，对殖民地统治产生了长期影响。