西里尔字母中的Ѧ和Ѩ在发音上的区别主要体现在它们所代表的音素上。根据搜索结果中的信息，字母Ѧ（旧埃）和Ѩ（埃）在基里尔字母表中原本表示鼻元音。但当基里尔字母从古斯拉夫语引入古俄语中时，它们的功能发生了变化。史前时期东斯拉夫共同语已不存在鼻元音，因此这两个字母在现代俄语中的发音区别并不明显。
具体来说，Ѧ（旧埃）和Ѩ（埃）在现代俄语中都发/ʌ/音，类似于英语单词"but"中的元音。由于这两个字母在现代俄语中发音相同，它们在实际使用中的区别主要在于拼写规则和历史传统，而不是发音。因此，可以说在现代俄语中，Ѧ和Ѩ在发音上没有区别。