南京西站的客运业务在2012年停止的原因主要有以下几点：
设施老化和服务环境限制：南京西站由于面临搬迁，站房等服务环境都已经老化，站台长度不足、照明不足等问题制约着西站的发展12。
市政改造需要：为配合南京市政府实施市政改造需要，上海铁路局决定自2012年3月25日起临时停办南京西站的客运业务3。
历史变迁和城市发展：随着南京城市的发展和交通布局的调整，南京西站作为南京最早的客运火车站，其功能逐渐被新的火车站所取代，如1968年南京长江大桥建成后，新的南京站落成，车站更名为“南京西站”4。
客运业务的转移：南京西站发出最后一班通往厦门的绿皮火车后，正式停止办理客运业务，其功能可能转移至其他车站4。
综上所述，南京西站客运业务的停止是多种因素综合作用的结果，包括设施老化、市政改造、城市发展以及客运业务的转移等。