南北朝时期的军事制度对各朝代的更替产生了显著影响。以下是一些关键点：
军权流入权臣手中：根据维基百科的描述，在南北朝时期，朝代常因为军权流入权臣手中而更替。这意味着军事力量的控制权往往决定了政治权力的归属，导致朝代更迭。来源
募兵制的兴起：南朝的军事制度大至延续两晋兵制，然而世兵制衰落，所以以募兵制为主。募兵制的兴起改变了军队的组成和忠诚度，使得军队更容易受到权臣的影响和控制。来源
府兵制度的兴起：搜狐网上的文章提到，南北朝时期“府兵制度”取代了“世兵制度”成为了历史的主流，一度影响了北周、隋朝和唐朝三个时代。这一制度的变革对后来的朝代更替有着深远的影响。来源
霸府政治的影响：百度学术中的一篇文章指出，霸府是魏晋南北朝时期权臣建立的控制皇帝和朝廷，作为国家实际权力中心的府署机构。霸府是国家实际上最高政治中心和最高军事中心，对同一王朝内皇权的更替也发挥着一定的作用。来源
民族交融与军事制度：包头市民族事务委员会的文章提到，从春秋时期崭露头角的世兵制，在北魏时期得到了重要发展，是中国古代军事制度发展的重要阶段。两晋时期，军户世兵制逐渐成熟，为后来的兵役制度奠定了基础。这种民族交融和军事制度的发展对朝代更替有着间接的影响。来源
综上所述，南北朝时期的军事制度通过影响军队的组成、忠诚度以及权臣对军队的控制，对各朝代的更替产生了深远的影响。