贝拉一世在统治期间处理拒绝接受基督教信仰的起义主要通过加强王权和制度建设，以及取消圣友团最高委员会来巩固自己的统治。根据搜索结果中的西班牙史笔记，贝拉一世采取了以下措施：
取消圣友团最高委员会：圣友团是一个军事宗教组织，贝拉一世通过取消其最高委员会来削弱该组织的力量，从而减少对王权的威胁。
加强王权的制度建设：贝拉一世在司法等领域加强了王权，这可能包括对拒绝接受基督教信仰的人进行更严格的控制和管理。
这些措施显示了贝拉一世在处理拒绝接受基督教信仰的起义时，采取了强化中央集权和制度建设的方式来巩固自己的统治。通过这些政策，他有效地处理了起义，并保持了国家的稳定。