乌穆尔贝伊选择与拜占庭帝国的约翰六世结盟的原因主要是由于拜占庭帝国当时陷入了两约翰战争的内战期间。乌穆尔贝伊抓住机会与约翰六世结为同盟，并派兵协助约翰六世对抗他的皇位竞争对手约翰五世。这一决策可能基于几个战略考量：首先，通过与约翰六世结盟，乌穆尔贝伊能够扩大自己的影响力并可能获得拜占庭帝国的支持或回报；其次，这种联盟关系可能有助于乌穆尔贝伊在地区政治中扮演更重要的角色，尤其是在拉丁诸国发起士麦那十字军进犯时，这种联盟关系显得尤为重要。根据维基百科的资料，这一联盟关系确实引起了拉丁诸国对士麦那的十字军行动[1]。因此，乌穆尔贝伊与约翰六世结盟是一个基于当时政治和军事形势的战略选择。