牛津大学的书院制度运作方式如下：
学院自治：牛津大学拥有39个成员学院和5个永久私人学堂，这些学院和私人学堂都是法人自治团体。任何在牛津大学授课的教师及攻读学位的学生都属于这些机构牛津大学学院- 维基百科。
双重结构：牛津大学内设有两种平行的学院，一种是从事教学、研究及社会服务与科技开发等学术活动的学院，另一种是进行本科生人才培养教育活动的学院剑桥大学？牛津大学“学院制”教育模式对我国高等教育改革与建设的启示。
导师制：牛津大学实行导师制，注重博雅教育，促进学生全面发展，即“造就一个人”；密切、融洽的师生关系促进无阻碍的师生互动；培养学生自学、独立思考、批判性思维能力牛津大学学院制下的导师制。
管理结构：每个书院都有自己的管理结构，包括校长、导师、教职员工和学生代表等。这种分权管理结构使每个书院能够独立运作，并保持其独特的传统和风格牛津大学书院制度详解 - 英国留学。
学术与社交活动：书院不仅是学生住宿的地方，还负责本科生和研究生的教学，以及组织各种社交活动，为学生提供一个运动、交际和适合于居住的活动中心大学书院制 - 全知识。
书院传统：书院制度是牛津大学成功的核心要素之一，和专业学科院系系统交错，共同构成了牛津大学独特的教育模式牛津大学- Oxford - 神州学人。
综上所述，牛津大学的书院制度通过自治管理、双重学院结构、导师制、独特的管理结构以及结合学术与社交活动，为学生提供了一个全面发展的教育环境。