明太祖朱元璋对方国珍去世后亲自设祭的原因，根据搜索结果，可以归结为以下几点：
政治考量：朱元璋对方国珍的优待和设祭可能是出于政治上的考量，通过这种方式来安抚和吸纳其他农民起义领袖，显示其宽容和仁慈，以巩固自己的统治。
对方国珍的评价：朱元璋对方国珍有一定的评价和尊重。在方国珍去世后，朱元璋亲自设祭，并命翰林学士宋濂撰写《神道碑铭》为祭，显示了对方国珍的重视。
方国珍的地位：方国珍作为元末明初浙东农民起义军领袖，具有一定的影响力和地位。朱元璋通过设祭，也是在一定程度上对方国珍地位的肯定。
个人情感：不排除朱元璋对方国珍有一定的个人情感，方国珍在明朝建立过程中曾有贡献，朱元璋的设祭可能也包含了对这位曾经的盟友的哀悼和纪念。
综上所述，朱元璋对方国珍去世后亲自设祭，既是出于政治上的考量，也是对方国珍个人地位和贡献的肯定，同时也可能包含了一定的个人情感因素。