奥托三世在匈牙利王位继承战争中最终失败的原因可以从几个方面来分析：
内部支持不足：奥托三世在匈牙利的统治并没有得到当地贵族的广泛支持。如这篇文章提到的，博莱斯瓦夫三世在统治的最后几年，由于支援匈牙利盟友而发起远征失败，导致波希米亚趁机发起新一轮的进攻，贵族们利用这一机会迫使博莱斯瓦夫三世立下遗嘱。这表明匈牙利内部对于奥托三世的支持并不稳固。
外部势力的反对：奥托三世的统治还面临着外部势力的强烈反对。例如，这篇文章提到，普鲁士、巴伐利亚等邦国反对特蕾西娅继位，这表明在中世纪欧洲，王位继承往往伴随着多方势力的角逐和冲突，奥托三世很可能也面临着类似的外部压力。
军事失败：在军事上，奥托三世未能有效控制匈牙利的局势。根据这篇文章，奥斯曼帝国以反匈牙利联盟攻击了奥斯曼帝国在安纳托利亚的领土，但最终失败，穆斯塔法逃亡罗马帝国的塞萨洛尼基城寻求庇护。这可能反映了奥托三世在军事上的不足，未能有效抵御外敌或平息内乱。
政治斗争：中世纪欧洲的政治斗争复杂，王位继承往往伴随着激烈的权力斗争。如这篇文章提到的波兰立陶宛联邦国王齐格蒙特三世试图限制贵族权力，引发贵族起义。奥托三世可能也面临着类似的政治斗争，这些斗争削弱了他的统治基础。
综上所述，奥托三世在匈牙利王位继承战争中的失败，可能是由于内部支持不足、外部势力的反对、军事失败以及复杂的政治斗争等多方面因素共同作用的结果。